Οι Cottagers είχαν εξασφαλίσει τη παρουσία τους στη διοργάνωση επειδή τερμάτισαν έβδομοι στη Premier League και επειδή η κάτοχος του League Cup Manchester United είχε ήδη εξασφαλίσει τη παρουσία της στο Champions League.
Η περιπέτεια της Fulham ξεκίνησε από τον Τρίτο Προκριματικό γύρο και η αντίπαλός της ήταν η Vetra από τη Λιθουανία. Οι Λονδρέζοι με δύο νίκες ίδιου σκορ (3-0) πέρασαν εύκολα στην φάση των Play offs.
Εκεί τους περίμενε η Amkar Perm από τη Ρωσία. Στο Λονδίνο οι Cottagers πήραν τη νίκη με 3-1 ενώ ηττήθηκαν με 1-0 στη Ρωσία. Παρόλα αυτά, πέρασαν στη φάση των ομίλων.
Η κληρωτίδα δεν ήταν και πολύ φιλική καθώς έφερε αντιμέτωπες στην Fulham τις Roma, Βασιλεία και CSKA Σόφιας. Οι Cottagers όμως είχαν μια πολύ καλή παρουσία στον όμιλο, συγκεντρώνοντας 11 βαθμούς. Έτσι πέρασαν στη φάση των 32 ως δεύτεροι πίσω από τη Roma.
Και πάλι η κληρωτίδα δεν ήταν φιλική με τους Λονδρέζους καθώς την έφερε αντιμέτωπη με τη Shakhtar Donetsk, την ομάδα που πριν έναν χρόνο είχε κατακτήσει το τρόπαιο. Το πρώτο ματς έγινε στο Craven Cottage και η Fulham πήρε τη νίκη με το εύθραυστο 2-1. Στη ρεβάνς της Ουκρανίας, οι Άγγλοι προηγήθηκαν με το γκολ του Brede Hangeland στο 33 αλλά η Shakhtar ισοφάρισε στο 69ο λεπτό. Οι Cottagers άντεξαν ως το τέλος, δεν δέχτηκαν άλλο γκολ και πήραν μια πολύ σπουδαία πρόκριση.
Στη φάση των 16 τους περίμενε η Juventus, μια ακόμα δύσκολη κλήρωση για την ομάδα από το Δυτικό Λονδίνο. Η ήττα με 3-1 στο Τορίνο φαινόταν καταδικαστική για τους Cottagers οι οποίοι θα έπρεπε να ξεπεράσουν τον εαυτό τους στη ρεβάνς. Το γρήγορο γκολ του David Trezeguet μόλις στο 2ο λεπτό του επαναληπτικού έμοιαζε να είναι καταδικαστικό, όμως οι Cottagers είχαν άλλη γνώμη. Κατάφεραν να γυρίσουν το παιχνίδι με τα γκολ των Bobby Zamora και Zoltan Gera και πήγαν με το 2-1 στο ημίχρονο. Το γρήγορο γκολ του Gera αναπτέρωσε το ηθικό των Λονδρέζων για να έρθει το γκολ του Clint Dempsey στο 82 και να σφραγίσει μια μυθική πρόκριση.
Για ακόμα μια φορά η αντίπαλος δεν ήταν εύκολη στα προημιτελικά. Ήταν η Wolfsburg, η οποία ήταν η πρωταθλήτρια Γερμανίας. Οι Cottagers όμως εκμεταλλεύτηκαν για ακόμα μια φορά την έδρα τους παίρνοντας τη νίκη με το (εύθραυστο) 2-1 χάρη στα γκολ των Zamora και Duff. Στον επαναληπτικό της Γερμανίας, ο Bobby Zamora σκόραρε στο πρώτο λεπτό του αγώνα και αυτό ήταν αρκετό για να δώσει στην ομάδα του τη πρόκριση.
Για να περάσει στον τελικό του Αμβούργου, η Fulham θα έπρεπε να αποκλείσει το ίδιο το Αμβούργο που προφανώς ήθελε σαν τρελό τη παρουσία στον τελικό μιας και θα γίνοταν εντός έδρας. Το πρώτο ματς έγινε στη Γερμανία και έμεινε στο απόλυτο 0 αφήνοντας όλα τα ενδεχόμενα ανοιχτά. Στο Craven Cottage, οι Γερμανοί προηγήθηκαν στο 22 με τον Mladen Petric. Οι Cottagers ήθελαν πάλι ένα μικρό θαύμα και το κατάφεραν. Με τα γκολ του Simon Davies στο 69 και του Zoltan Gera στο 76, έκαναν την ανατροπή και πέρασαν στον μεγάλο τελικό!
Ο τελικός έγινε στις 12 Μαΐου και αντίπαλος ήταν η Ατλέτικο Μαδρίτης. Οι Ροχιμπλάνκος προηγήθηκαν με τον Diego Forlan στο 32 αλλά ο Simon Davies ισοφάρισε 5 λεπτά αργότερα. Μετά από ένα όμορφο παιχνίδι, οι ομάδες οδηγήθηκαν στην παράταση. Εκεί η Fulham πάλεψε πολύ αλλά δεν άντεξε στην πίεση των Ισπανών. Ο Forlan ήταν ξανά ο σκόρερ στο 116 και με αυτό το γκολ έδωσε στην ομάδα του το τρόπαιο του πρώτου Europa League.