Οι Reds είχαν τερματίσει δεύτεροι στο πρωτάθλημα της σεζόν 2008-09. Αυτό τους εξασφάλισε την απευθείας συμμετοχή στους ομίλους του Champions League. Όμως η ομάδα του Rafa Benitez δεν κατάφερε να κάνει μια καλή πορεία. Στον πέμπτο όμιλο μαζί με τις Fiorentina, Lyon και Debrecen, τερμάτισε στην τρίτη θέση και έτσι συνέχισε στο Europa League.
Η πορεία της ομάδας του Merseyside στη διοργάνωση ξεκίνησε από την φάση των 32 απέναντι στη Ρουμανική Unirea Urziceni. Ο πρώτος αγώνας έγινε στο Anfield και ένα γκολ του David N'Gog ήταν αρκετό για να δώσει τη νίκη στους Reds. H Liverpool κατάφερε να πάρει μια άνετη νίκη με 1-3 μέσα στη Ρουμανία και να περάσει εύκολα στην επόμενη φάση.
Εκεί την περίμενε η Lille. Οι Γάλλοι είχαν το πρώτο ματς στην έδρα τους και κατάφεραν να αιφνιδιάσουν την Αγγλική ομάδα με την απόδοσή τους και να κερδίσουν με 1-0. Ο σκόρερ εκείνου του γκολ ήταν το 19χρονος τότε Eden Hazard! Στη ρεβάνς του Anfield, η γηπεδούχος ομάδα μπήκε πολύ δυναμικά και προηγήθηκε μόλις στο 9ο λεπτό με πέναλτι από τον Gerrard. Τα δύο γκολ του Fernando Torres στο δεύτερο ημίχρονο, έδωσαν την πρόκριση στη Liverpool.
Στα προημιτελικά, οι Reds κλήθηκαν να αντιμετωπίσουν την Benfica. Παρά το γεγονός ότι προηγήθηκαν με τον Agger νωρίς στον αγώνα, οι Πορτογάλοι με δύο πέναλτι του Oscar Cardozo ανέτρεψαν το σκορ και πήραν μια μεγάλη νίκη. Στο Anfield για ακόμα μια φορά η Liverpool ξεκίνησε πολύ δυναμικά και στο πρώτο ημίχρονο προηγείτο ήδη με 2-0 χάρη στα γκολ των Kuyt και Lucas Leiva. O Torres στο 59 έδωσε διαστάσεις θριάμβου στη νίκη της ομάδας του, όμως ο Cardozo χτύπησε ξανά και έκανε το 3-1. Ο Torres όμως δεν είχε πει την τελευταία του λέξη και με ένα γκολ στο 82 έδωσε ουσιαστικά την πρόκριση στην Αγγλική ομάδα.
Για να περάσει στον τελικό του Αμβούργου, η Liverpool θα έπρεπε να ξεπεράσει το εμπόδιο της Atletico Madrid, μιας ομάδας που επίσης είχε έρθει από το Champions League. Οι Reds για ακόμα μια φορά έχασαν εκτός έδρας καθώς ο Diego Forlan σκόραρε το μοναδικό γκολ της αναμέτρησης που έγινε στην Μαδρίτη. Όλα θα κρίνονταν στο Anfield. Η Liverpool μετά από αρκετή πίεση κατάφερε να σκοράρει στο τελευταίο λεπτό του πρώτου ημιχρόνου με τον Alberto Aquilani. Το ματς έληξε 1-0 και έτσι οι δύο ομάδες οδηγήθηκαν στην παράταση. Ο έξτρα χρόνος ξεκίνησε εξαιρετικά για τους γηπεδούχους καθώς ο Yossi Benayoun έβαλε μπροστά την ομάδα του στο 95. Δυστυχώς για τους Reds, ο Forlan μόλις 7 λεπτά μετά έκανε το 2-2. Αυτό ήταν και το τελικό σκορ και έτσι στον τελικό προκρίθηκαν οι Rojiblancos.
Η Atletico ήταν και η ομάδα που κατέκτησε το πρώτο Europa League σε έναν εξαιρετικό τελικό απέναντι στη Fulham!