Στη μαγική σεζόν 2015-16 όπου η Leicester στέφθηκε πρωταθλήτρια Αγγλίας, οι Κόκκινοι Διάβολοι τερμάτισαν στην 5η θέση, ενώ παράλληλα έκλεισαν τη χρονιά κατακτώντας το FA Cup. Αυτό τους έδωσε τη δυνατότητα να βρεθούν απευθείας στους ομίλους του Europa League.
Η Manchester United βρέθηκε στον πρώτο όμιλο μαζί με τις Fenerbahce, Feyenoord και Zorya Luhansk. Οι Κόκκινοι διάβολοι τερμάτισαν στην δεύτερη θέση με 12 βαθμούς (4 νίκες, 2 ήττες) και έτσι πέρασαν στη φάση των 32. Εκεί τους περίμενε η Saint-Etienne. Ο πρώτος αγώνας έγινε στο Old Trafford και ήταν η ραψωδία του Zlatan Ibrahimovic. Ο Σουηδός με δικό του χατ τρικ έδωσε τη νίκη και τη μισή πρόκριση στην ομάδα του. Οι Άγγλοι ολοκλήρωσαν τη δουλειά με νίκη μέσα στη Γαλλία χάρη σε γκολ του Mkhitaryan. Στην φάση των 16 η United κληρώθηκε με την Rostov. Η Ρωσία τελικά δεν ήταν και πολύ φιλόξενη για τους Άγγλους, αλλά εν τέλη κατάφεραν να αποσπάσουν μια πολύτιμη ισοπαλία με 1-1. Στη ρεβάνς στο Μάντσεστερ, το γκολ του Juan Mata στο 70 ήταν αρκετό για να στείλει την United στα προημιτελικά. Η επόμενη αντίπαλος της Αγγλικής ομάδας στη φάση των 8, ήταν η Anderlecht. Για ακόμα μια φορά οι Κόκκινοι Διάβολοι δεν κατάφεραν να νικήσουν εκτός έδρας, και απέσπασαν ισοπαλία 1-1 στις Βρυξέλλες. Στην Αγγλία είχαμε επανάληψη του αποτελέσματος κάτι που οδήγησε τις ομάδες στην παράταση. Εκεί η ομάδα από το Μάντσεστερ πήρε την πρόκριση με το γκολ του 19χρονου τότε Marcus Rashford. Για να περάσει στον τελικό, η United θα έπρεπε να ξεπεράσει ένα τελευταίο εμπόδιο, αυτό της έκπληξης της διοργάνωσης, Celta Vigo. Ο πρώτος αγώνας έγινε στην Ισπανία. Σε ένα μέτριο ματς, ήρθε επιτέλους η εκτός έδρας νίκη που η United κυνηγούσε. Και αυτό χάρη στον Rashford! Στη ρεβάνς στο Old Trafford, Οι γηπεδούχοι προηγήθηκαν στο 17 με τον Fellaini. Η Celta έπειτα πίεσε αρκετά και σκόραρε μάλιστα στο 85. Όμως η Αγγλική ομάδα άντεξε στην πίεση των Κελτών και πέρασε στον τελικό. Ο τελικός έγινε στις 24 Μαΐου του 2017 στο Friends Arena της Στοκχόλμης μπροστά σε 46.961 θεατές και αντίπαλος της Manchester United ήταν ο Ajax. Η ομάδα του Mourinho ξεκίνησε καλά το ματς και προηγήθηκε με τον Paul Pogba μόλις στο 18ο λεπτό. Ο Ajax πίεσε για να ισοφαρίσει πριν το ημίχρονο αλλά δεν τα κατάφερε. Αντ' αυτού η United σκόραρε στην έναρξη του δευτέρου ημιχρόνου με τον Henrikh Mkhitaryan και κάπως έτσι κατέκτησε το πρώτο Europa League της ιστορίας της!